A Nyugat-Európából már eltűnt vagy elűnőben lévő társulások (nedves rétek, mocsarak és természetes erdők) nagy kiterjedése miatt Észtországban több olyan rovarfaj is fellelhető, amit a Berni konvenció  különösen veszélyeztetett fajainak listájáról ismerhetünk.

Gerincesek
Az észt vizekben 65 halfajjal találkozhatunk. A Balti-tenger alacsony sótartalma miatt a tengeri és édesvizi halak közötti felosztás esetleges: kifejezetten atlanti, a balti-tengeri élethez alkalmazkodott fajokat (balti-tengeri spratt, balti v. apró hering) szinte alig találhatunk. Endemikus halfajok Észtországban nincsenek, habár a peipsi maréna és a peipsi lazac kifejezetten csak a Peipsi-tóban élnek. Az édesvizek halfajaiból a harcsa és a ragadozó őn a kipusztulás határára sodródott, a természetes lazacpopuláció is erősen veszélyeztetett.

Észtországban 11 kétéltű faj él, ezek közül négy - a levelibéka, a mocsári kecskebéka, a varangy és a közönséges gőte - általánosan elterjedt. Ritkább és ezért szigorú védelem alatt áll a nyugati partvidéken élő nádi varangy és az Északkelet-Észtországban és a Piirissaare-szigeten élő zöld varangy és tarajos gőte.

A hüllők közül Észtországban három gyíkfajt - hegyi gyík, fürgegyík és törékeny gyík - és két kígyófajt - keresztes vipera és vizisikló - találhatunk.

Észtországban 329 madárfajt jegyeztek fel, ebből 222 faj itt is fészkel, 38 faj átvonul, vagy itt telel, a maradék feltehetőleg csak idetéved. Észtország területe az arktikus vándormadarak kelet-atlanti vándorútjára esik. A sekély parti vizek, a tagolt és öblökben gazdag partvonal és a nedves területek gyakori előfordulása miatt a tavaszi és őszi vándorlási időszakban sokféle vízimadarat figyelhetünk meg. A Rigai-öbölben és a Väinameriben ilyenkor millió számra találkoznak jegesrécével, a parti nedves réteken százezer számra pihen meg az apácalúd és az örvös lúd. Észtország szigetvilága a többi balti országtól eltérően remek fészkelőhelyeket nyújt sok tengeri madárnak, többek között a pehelyrécének és a lócsérnek. A tengeri madárfajok létszámában az utóbbi évtizedekben nagy változások zajlottak: robbanásszerűen megnövekedett a sirályfélék és a kárókatonák, erősen lecsökkent a kacsafélék és a szalonkafélék párjainak száma.

Fajd

Az észt mocsarak és erdők madárállománya gazdag - sok daru és lillealkatú fészkel itt -, de a tyúk alkatúak (nyírfajd és siketfajd) száma folyamatosan csökken, a sarki hódfajd a kipusztulás határára jutott. A többi Balti-tenger-melléki országhoz hasonlóan a réti sas- és halászsas-populáció életerős. Említésre méltó a szomszédos területeken (Lettország, Dél-Finnország) hiányzó szirtisas viszonylag nagy száma is. Pár fészkelő párral a különösen ritka fekete sas is képvselteti magát. Csökkenőben van a fekete gólya fészkelő párjainak száma. Az   Észtországban fészkelő madarak közel fele erdei faj, többségük az énekesmadár-alkatúak közé tartozik: a  legnépesebb madárfajok az erdei pinty és a fitiszfüzike.

Őzek

Észtországban 64 emlősfajt jegyeztek fel, ezek közül három - a fakó pézsmapocok, a nyestkutya és az amerikai nyérc - behurcolt, kettő - a közönséges hód és az európai szarvas - újratelepített. Az észt emlősfaunát ma más európai országokkal összevetve a ragadozók - a barnamedve, a farkas, a hiúz - viszonylag nagy száma jellemzi. Az utóbbi tíz évben feltehetőleg kihalt az európai nyérc, hosszú ideje nem érkezett híradás az erdei pelefélék - keleti pele és mogyorós pele - létezéséről sem. Különleges ritkaságként Észtországban fennmaradt egy tajgai reliktumfaj, az orosz sutaszárnyú mókus.