A kelet- és közép-európai növényföldrajzi provinciák határa Észtországon húzódik keresztül, így a növényzet 538 edényes faja és alfaja, vagyis a taxonok 35%-a itt éri el elterjedése északi, északkeleti vagy keleti (réti kardvirág, szibériai írisz, illatos bibircsvirág, fehér és vörös madársisak, borostyán és kökény), illetve nyugati, délnyugati vagy déli határát (kisvirágú csitri, mocsári szeder).

Az areahatáron lévő növények a különböző földtörténeti klímaperiódusokban jutottak el a mai Észtország területére, így ezeket a megfelelő időszak reliktumainak nevezik.

83 endemikus (helyben kialakult) fajt írtak le, amelyek nagy része a hölgymálok közé tartozik (legismertebb közülük a saaremaai kockás orchidea). Az idők folyamán az őshonos növényzet mellett  sok olyan faj is megjelent, aminek megtelepedését az emberi tevékenység befolyásolta: sokféle gyomnövény kifejezetten a mezőgazdaság és az áruszállítás hatására terjedt el.

Az alacsonyabb rendű növényeket Észtországban 2500 moszat és algafaj, illetve 680 mohafaj képviseli.

A legutolsó adatok szerint Észtországban 1441 (az alfajokkal együtt 1538) edényes növényfajt találhatunk.

Észtország a mérsékelt övi erdők vegyeserdő övezetének északi részéhez tartozik.  A felszín tulajdonságaitól és a csapadékháztartástól függően több erdőtípust is elkülönítenek:

• Vegyes erdők a legtermékenyebb talajokon alakulnak ki, ezért először ezek esnek a mezőgazdasági termelés áldozatául. Ebben az erdőtípusban a lucfenyő mellet általában értékes lombhullató fafajokat (tölgy, kőris, szil, juhar és hárs) találhatunk. Jellemző a burjánzó, fajokban gazdag cserjeszint (mogyoró, lonc, bangita). Az aljnövényzetben leginkább a podragfű, a sárga árvacsalán, az orvosi tüdőfű, a csillaghúr, a kapotnyak, a hölgypáfrány és a nemes májvirág tenyészik.
• Elegyes lucosok a termékenyebb, jó vízháztartású területeken jelennek meg. A fafajok közül a lucfenyő a legjellemzőbb, de kisebb mennyiségben a nyír és a rezgő nyár is megtalálható. A cserjeszint ritkás, fajszegény. Az aljnövényzet legjellegzetesebb fajai az árnyékvirág és az erdei madársóska.
• Az áfonyás erdei fenyvesek tiszta erdei fenyvesek. Szárazabb és tápanyagszegényebb területeken az erdei fenyő alatt tenyészik az erdő legjellegzetesebb típusnövénye, a vörös áfonya, ami mellett több más, szinte kizárólag csak ebben az erdőtípusban élő növénnyel is találkozhatunk (tátogó kökörcsin és réti csomolya). Nedvesebb erdőrészeken a sarjak között megjelenik a lucfenyő, a vörös áfonyát a fekete áfonya váltja fel.
• A degradált erdei fenyvesek még szegényebb és homokosabb talajokon alakulnak ki, mint az előző típus. Az erdei fenyő itt csökevényes, más fafajt szinte egyáltalán nem találunk. Az előző erdőtípusra jellemző mohaszőnyeget a zuzmók (elsősorban a rénszarvaszuzmó) váltják fel.
• A tőzegerdők szintén erdei fenyvesek, de az előző két típustól eltérően nem talajon, hanem tőzegben fejlődnek (ez gyakran jelentősen lelassítja a fák növekedését). Az aljnövényzetben tipikus tőzegmocsári növényzet uralkodik (tőzegmoha, gyapjúsás, mocsári szeder). A dagadó részeken jellemzőbbek a különböző molyűzőfajok és a kék áfonya.
• Ártéri erdő elsősorban a völgyekben és a források síkjain jelenik meg, ahol a vízfolyások hatására nedves élettér alakul ki. Uralkodó fafaja a mézgás éger. Aljnövényzetében a vízkedvelők - többféle zsurlófaj (leggyakrabban az iszapzsurló és a legyezőfű) - dominálnak. 
• Az átmeneti mocsárerdők eltőzegesedő ártéri erdők. Az átmeneti mocsarakban a zsurlófélék mellett nagy területeket díszítenek a különböző tőzegmohafajok, a fák közül a degradált mocsári nyír, a lucfenyő és az erdei fenyő a jellemző. Az aljnövényzetben a nedves területekre jellemző fajokat találjuk, a tőzeges területeken a tőzegerdőre jellemző növényfajok jelennek meg.

Mocsárnak azokat a nedves területeket nevezzük, ahol az állandó túlzott nedvesség és az oxigénhiányos környezet hatására tőzeg keletkezik. Ezek Észtország területének közel negyedét borítják.

A legelterjedtebb típus a tőzegmocsár, ahol az évezredek alatt nagyon vastag tőzegréteg alakult ki, az ott élő növényeknek nincs kapcsolatuk az ásványi talajjal. A növényzetben a tőzegmohafajok dominálnak, amik a vizet szivacsként zárják magukba, így a vízszint az év folyamán csak alig észrevehetően változik.

A sekély mocsárban a tőzegréteg még vékony, így annak vízszintje jelentősen változhat. A növényzetben a zsurlók és a páfrányok uralkodnak, melyek gyökerei kapcsolatot találnak az ásványi talajjal. A sekély mocsarak a tőzegmocsarak irányába fejlődnek. Az átmeneti típusnak átmeneti mocsár a neve. 

Az emberi tevékenység következtében sokhelyütt alakultak ki - a talajtípusok és a vízháztartás alapján - különböző típusokba sorolható rétek. Viszonylag fajgazdagok az egykori vegyes erdők helyén kialakult irtásrétek. A tradicionális mezőgazdaság előre-törésével visszaszorultak a vékony karszttalajokon kialakult  karsztrétek. A humuszban gazdagabb talajokon rendszeresen kaszált és legeltetett öntésrétek, parti rétek és ligetes rétek alakultak ki.

(Fotó: Katrin Tombak)